石器由于版权原因和代理商更迭频繁，运营商和版权归属非常混乱，在日本主要由DIGIPARK代理，在中国大陆可以分为四个时期：JSS和华义国际共同代理时期（1.0-2.0），华义国际单独代理（2.0-7.5），金山代理新石器时代（8.0），以及复活后的胜思新代理石器（8.5和2.5共存），台湾地区主要有JSS与华义国际，华义国际自行研发，陶朱科技复活新代理三个时期
1.0-原始石器时代
石器时代壁纸(6张)最高等级上限:120无家族系统无骑乘宠物系统中途增加交易系统中途增加包月系统中途由1分钟0.10点数变成为1分钟0.12点数(包月300点变成为360点)
2.0-家族开拓史最高等级上限:140增加AI(自动战斗)系统增加加美航空公司，可往返飞行于各岛之间。增加家族系统增加骑宠系统增加精灵王的传说—转生系统
2.5-精灵王传说增加宠物转生系统开放新地图—天空之岛增加攻击性魔法新增任务
3.0-伊甸新大陆新增五大城市(地城,水城, 火城,风城, 伊甸)开放宠物新技能
4.0-新9大家族新增五大庄园增加了10种新骑宠新增可爱的表情全新的魔族任务增加新技能增加新素材、装备
5.0-宠物进化史新增宠物融合系统
6.0-海贼王遗迹新增海底地图——泪之海新增道具:鱼鳃草, 海底呼吸用新增海底任务新增海底宠物
7.0-石头就业所新增职业系统: 白狼勇士, 追猎者, 暗灵法师新增密语系统新增装备系统: 手套, 左手, 鞋子, 腰包新增英雄战场(一共132楼, 可获得流星手套: 攻+25防+50敏+20)
7.5-精灵的召唤新增职业技能宠物二转人物六转新地图8.0-失落的世界（台湾）（大陆名称为：新石器时代） 大陆金山软件代理运营的石器时代，自8.0之后的版本与之前的版本区别开来，重新定名为新石器时代。新增宠物装备系统新增导师系统新增任务日志新增冰城地图——瑞尔亚斯新增冰城宠物新增回炉系统新增签到系统新增海底宠物融合系统(类似5.0)
8.5-魔域大冒险（台湾）大陆地区的石器时代并未更新到8.5即告停服，而台湾石器则坚持到8.5开放。新增全新冒险地图魔域一个神秘的地域，没人知道魔域所存在的地方，借由魔界之门通往充满火山烟雾与毫无生气的世界，新增大小十几张地图等你前往冒险。新增新增全新系统魔军讨伐奖励系统：玩家可以借由击杀魔界将领取得身上物品才可换取讨伐积分，同样的该积分因阵营的不同，而可以换取不同的奖励。每日常驻活动系统：借由提供魔域前线勇士物资而提供每日任务让玩家参与，可以获得许多道具。日常任务及荣誉值商城：多项有趣好玩的日常任务供玩家参与；通过完成日常任务可以获得荣誉值，荣誉值可用于在荣誉值商城中购买各种强力道具和宠物。
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